研究院工会，全称为中国科学院合肥物质科学研究院工会委员会。2001年11月12日，由原中国科学院安徽光学机密研究所、中国科学院等离子体物理研究所、中国科学院固体物理研究所和原中国科学院合肥分院整合，组建成新的中国科学院合肥物质科学研究院。2003 年6月24日召开合肥物质研究院第一届职工代表大会暨第一届工会代表大会，选举出第一届工会委员会和工会经费审查委员会。

　　 原中国科学院安徽光学机密研究所工会建立于1979年12月，原中国科学院等离子体物理研究所工会建立于1983年，原中国科学院固体物理研究所工会建立于1989年，原中国科学院合肥分院工会建立于1986年，是安徽较早建立工会的科学研究单位之一，迄今已有20多年历史。从建会到现在，原工会围绕着党的中心工作，开展了许多有益活动，职工活动活跃，工作正常，各项工作健康发展，工会取得了一定的成绩。

　　原各所工会和分院工会，在上级工会和各所党委及分院党组领导下，在各所及分院行政和广大职工的支持下，坚持以邓小平理论为指导，坚持全心全意为职工服务的宗旨，坚决贯彻党的十一届三中全会以来的路线、方针和政策，围绕各单位中心服务大局，认真履行工会维护、教育、参与、建设四项社会职能，积极开展各项活动，努力为职工办实事，在维护职工合法权益和各单位整体利益、促进各单位民主管理，加强职工队伍建设，推动科研工作等方面做了大量的工作。原中国科学院等离子体物理研究所工会被省直工会授予“五年目标责任制先进工会”荣誉称号，在民主管理和民主监督工作方面发挥了积极的作用，受到安徽省直工会的表彰并在2000年省直工会工作交流会上代表发言。原中国科学院安徽光学机密研究所工会、原中国科学院合肥分院工会、原中国科学院固体物理研究所工会都在各所及分院党委的领导下做出了一定的成绩，得到上级工会的各项奖励。整合后，新一届工会委员会继续按照“三个代表”重要思想要求，努力推进研究院民主管理、院务公开，积极开展送温暖工程和凝聚力工程，全院上下齐心协力，团结一致， 充分发挥党联系职工群众的桥梁和纽带作用，为把中国科学院合肥物质科学研究院建设成为国际知名国内一流的科研基地而努力奋斗。