一、指导思想
以江泽民同志“三个代表”的重要思想及关于创新的一系列论述为指导，以我院新时期办院方针为指针，紧密围绕知识创新工程这个中心，建设具有科学岛特色的创新文化体系，营造良好的人文环境和创新氛围，激发职工的创新思维和潜能，提升团队的创新综合实力和整体水平，为实现研究院创新目标和任务，提供坚强的思想政治保证和强有力的精神文化动力。
二、基本原则
1、以院党组关于创新文化建设的指导意见为指导，确立研究院提倡的使命理念和科技价值观，作为研究院创新文化的核心和特色。以我院新的办院方针和合肥研究院的战略定位、创新目标激励和调动全院职工的积极性、创造性，保证研究院创新工程的正确导向并规范职工的价值取向。
2、坚持以人为本、创新为魂。既最大限度发挥各类人员的个体创新智慧和能力，又十分注重培育形成研究院群体、科研团队的整体创新意识、创新素质和综合实力。
3、不断实践、不断总结经验，按创新文化规律办事。坚持自觉主动、实事求是、循序渐进、持之以恒的建设方针。在知识创新工程实践中建设创新文化，以创新文化推进知识创新工程。
4、整体规划、分层建设。着重创建具有科学岛鲜明特色的创新文化体系，同时重视建设研究院属各所各具特色的创新文化。
三、总体框架
1、确立研究院创新目标和发展战略。在知识创新工程全面推进阶段，以中科院新时期办院方针为指导，合肥研究院将以国家经济建设、国家安全战略需求为牵引，世界学科前沿为导向，大科学工程和重点实验室为依托、大型技术物理装备为平台，通过五—十年的创新实践，把研究院建成学科上突出交叉综合优势，体制上进行跨不同学科、不同类型研究所(包括分院)的整合，机制上按现代研究院所制度运行、实行大开放格局，实行科教实质性结合，能作出三性贡献，具有国际一流科学园区的大型科研基地。
2、按照新的办院方针的要求，牢固树立国家整体利益观念和战略科技观念，为把研究院办成能解决国家重大战略需求，面向世界科学前沿，加强原始性创新和关键技术创新与集成，为国家经济建设、国肪安全和社会可持续发展作出创新性重要贡献的国际知名国内一流的科研基地而不懈奋斗。
3 、建立科学岛人高尚美好的精神家园。大力弘扬爱国主义和科教兴国实现民族伟大复兴的精神；树立敢为人先的创新意识和营造浓厚的创新氛围；弘扬科学精神，传播科学思想和科学知识；营造浓厚的创新学术氛围和人才脱颖而出的环境；在八字院风指导下，树立研究院特色的院风与精神；建立高效的管理体制与良好的服务理念。
4、以法办院、以德兴院”，遵守全民公德，弘扬科学道德，建立健全科学岛职工职业道德守则和行为规范；建立健全行之有效的确保创新进展的各项规章制度。
5、建设一流的科学岛园区，营造优越的工作环境和优美的生活环境，开展经常性的积极向上的群众性文体活动，凝聚人心，留住人才。
6、树立科学岛品牌意识，设计精品的科学岛形象标识，塑造研究院良好的社会形象。
四、组织领导
1、把研究院创新文化作为一个系统工程来建设，建立能有效推进创新文化建设的组织体系、工作机制。
2、实行“行政院长主管、党委组织实施”的领导体制。
3、形成党、政、工、团齐抓共管的建设格局。
4、发动职工人人参与、群策群力、献计献策。全岛干部职工是创新文化建设的主体。
5、把创新文化建设与党建、思想政治工作、精神文明建设、党风廉政建设等有机结合起来，寓创新文化建设于各项科研、开发、管理、服务工作之中，真正成为指导各项工作的灵魂和动力，各项工作都要遵循创新文化的要求，体现创新文化的内涵与特色。
6、发挥院、所两级各自的优势和积极性，在研究院总体规划下建设富有科学岛特色的充满活力的创新文化体系。
7、有总体规划、有年度计划，精心组织实施，扎扎实实推进，不断往深处去、向高处提。
8、研究院确保创新文化建设所必需的经费支持。
