刘建国院长，全面负责研究院工作。

    分管发展规划、国家安全、重大项目、财务与预算，协管干部工作。

   分管院长办公室、财务处。 

    黄晨光 党委书记，主持研究院党委工作。

    分管干部人事、继续教育、创新文化、职代会、群团、统战工作，协管发展规划。

    分管党委办公室、人事处。 

    邹士平 党委副书记、纪委书记，主持研究院纪委工作。

    分管离退休、医保、保密体系、安全体系、档案、环境保护，协管党务。 

    分管监督与审计处、安全保密处、档案馆。 

    吴海信  副院长

    分管高技术研究、质量体系（兼任管理者代表）、网络与信息化、院校合作。协调大气环境光学遥感监测、人工智能与现代农业、战略高技术领域业务工作。

    分管高技术与质量处、信息中心；联系安光所、智能所。

    宋云涛 副院长

    分管院地合作和成果转化、国际科技合作、大科学中心、产业创新平台建设、知识产权管理体系。协调磁约束核聚变、先进核能与核安全、材料科学领域业务工作。 

    分管国际合作处、科技促进发展处、科学中心与基础设施处、科学岛控股公司；联系等离子体所、固体所、核能安全所。 

    王俊峰 副院长

    分管基础科学研究、研究生教育。协调强磁场科学与技术、医学物理与生物技术领域业务工作。 

    分管科研规划处、研究生处、文献情报与期刊中心、肿瘤医院；联系强磁场中心、健康所。 

    程艳副院长

    分管资产、园区规划与基建、科学传播、计量体系、后勤服务。协调综合管理事务。

    分管资产与条件保障处、服务中心、合肥现代科技馆、计量与检测中心、科学岛学校。